Célèbre bibliographe français et l’un des hommes les plus instruits de son temps, il naquit le 2 février 1600 à Paris. Naudé, après avoir achevé avec succès sa philosophie, commença l’étude de la médecine, et c’est aux cours du célèbre René Moreau qu’il se lia d’une intime et inaltérable amitié avec Gui Patin. Dès sa jeunesse, Naudé avait montré une vive passion pour les livres ; il put la satisfaire de bonne heure, car il entrait à peine dans sa vingtième année quand le président de Mesmes lui donna la direction de sa bibliothèque.
Naudé dut pourtant abandonner bientôt une position qui ne lui laissait pas le temps de suivre ses études médicales, et il alla en 1626 les terminer à Padoue. La mort de son père le rappela à Paris, et en 1628 la Faculté de Médecine le choisit pour prononcer le discours de clôture des examens et l’éloge des nouveaux licenciés. Ce discours, où l’ancienneté et la gloire de la Faculté (De Antiquitate et dignitate Scholae medicae Parisiensis) étaient développées avec une véritable éloquence, attira les yeux sur son auteur. Le savant Pierre Dupuy le mit alors en relation avec le cardinal Bagni, qui l’emmena a Rome et lui confia sa bibliothèque.
Naudé n’avait sans doute pas dit encore un adieu définitif à sa première profession, car en 1633 il fut nommé médecin de Louis XIII, titre d’ailleurs purement honorifique. Désormais c’est l’étude des livres qui va l’occuper tout entier. II resta douze ans chez le cardinal Bagni ; à sa mort (24 juillet 1641), il devint bibliothécaire du cardinal Barberini, neveu du pape. Cette même année, Richelieu avait ordonné d’imprimer au Louvre l’Imitation de Jésus-Christ ; de nombreux avis et de nombreuses rivalités se trouvaient en présence, relativement à la question de savoir sous quel nom d’auteur ce livre serait publié. Dom Grégoire Tarisse, général des Bénédictins de Saint-Maur, intriguait pour le faire attribuer à Jean Gersen, qui était bénédictin. Tarisse se fondait sur l’autorité de quatre manuscrits qui étaient à Rome ; Richelieu voulut les faire examiner, et Naudé fut chargé de ce travail. Ses conclusions furent contraires aux faits avancés par Tarisse ; et son mémoire tomba entre les mains du P. Fronteau, chanoine régulier de Sainte-Geneviève, qui naturellement faisait honneur de l’Imitation à un génovéfain, Thomas A. Kempis.
Fronteau publia le mémoire de Naudé, et celui-ci se vit aussitôt assailli par toute la congrégation de Saint-Maur. Robert de Quatremaire et Valgrave écrivirent contre lui et l’accablèrent des accusations les plus odieuses. Ils prétendirent d’abord qu’il avait falsifié les manuscrits qu’on l’avait chargé d’examiner ; puis ils l’accusèrent d’avoir été corrompu par les Génovéfains, et d’avoir reçu un prieuré pour prix de ses mensonges. Naudé repoussa ces calomnies dans plusieurs écrits, auxquels ses adversaires répondirent en renouvelant leurs injures ; il se décida enfin à s’adresser à la justice, et ce singulier procès, après avoir fourni aux avocats une abondante matière à plaisanteries, ne reçut de solution définitive que le 12 février 1652.
Mais Richelieu n’avait pas attendu longtemps pour donner gain de cause à Naudé ; et au commencement de 1642 il l’appela à Paris, voulant en faire son bibliothécaire. Sa mort, arrivée quelques mois après, laissa Naudé sans emploi ; Mazarin le plaça aussitôt près de lui avec le titre que lui avait donné Richelieu. Mazarin avait en effet conçu le projet de fonder à Paris une bibliothèque publique ; Naudé s’associa à cette généreuse pensée, et jusqu’à son dernier jour s’y dévoua tout entier. En janvier 1643 un chanoine de Limoges, nommé Descordes, vint à mourir, laissant une bibliothèque de six mille volumes ; Naudé en dressa rapidement le catalogue, et la fit acheter par Mazarin. Telle est l’origine de la bibliothèque qui est devenue une des plus riches de Paris, et qui a conservé le nom de son fondateur. La même année Naudé acheta encore six mille volumes chez différents libraires ; et à la fin de 1643 il put donner pour la première fois à la France le spectacle d’une bibliothèque ouvrant ses portes et communiquant ses trésors à tous ceux qui se présentaient.
Naudé, passionné pour cette création, qu’il appellera plus tard sa fille bien aimée (Aduis à nos seigneurs de Parlement), avait conçu pour elle des destinées que le temps s’est chargé d’accomplir. Il avait réuni a peu près tous les ouvrages réimprimés en France ; ceux qui s’étaient publiés à l’étranger faisaient seuls défaut ; Naudé n’hésita pas. Il fit d’abord un court voyage bibliographique en Flandre ; puis, au mois d’avril 1645, il partit pour l’Italie, d’où il rapporta quatorze mille volumes. Il s’empara ensuite îles restes de la riche bibliothèque de Philipsbourg, parcourut l’Allemagne et l’Angleterre, et porta ainsi à près de quarante mille volumes la bibliothèque de Mazarin. De rudes épreuves allaient commencer pour Naudé : la Fronde devient victorieuse, Mazarin est proscrit ; le parlement ordonne la vente de la bibliothèque du cardinal.
Naudé, qui n’en sortait guère que pour venir à la mangeoire, écrit Mascurat, répondit à cet arrêt par une éloquente protestation, et parvint un instant à en arrêter les effets. Il lui fallut pourtant un peu plus tard assister à la vente, ou plutôt au pillage d’une fondation à laquelle il s’était dévoué sans réserve. Il sauva ce qu’il put en achetant 3 500 livres, somme considérable pour lui, tous les ouvrages de médecine ; puis, le cœur navré, il partit pour Stockholm, où la reine Christine lui offrait la direction de sa bibliothèque. Mais bientôt Mazarin, vainqueur de la Fronde, rentre à Paris ; il veut reconstituer sa bibliothèque, et appelle Naudé. Celui-ci quitta aussitôt la Suède ; mais la dispersion des trésors qu’il avait rassemblés avec tant d’amour lui avait porté un coup dont il ne devait pas se relever. Déjà souffrant, les fatigues du voyage abrégèrent encore ses jours ; il put cependant gagner la France, et mourut à Abbeville.
Cette perte fut vivement sentie dans le monde savant ; il suffit pour s’en convaincre de jeter les yeux sur le Tumulus Naudei qu’a rassemblé L. Jacob, son ami. Je le pleure jour et nuit, écrit Gui Patin (mettre du 21 octobre 1653). « Naudé vivait en vrai philosophe, dit Colletet, n’ayant d’autre ambition que celle de servir son maître ; sa sobriété était presque passée en proverbe, et il se montrait très attaché à Mazarin, qui, en récompense de tous ses services, ne lui avait accordé que deux petits bénéfices : le canonicat de Verdun et le prieuré de l’Artige, en Limousin. Son traitement comme bibliothécaire était de deux cents livres seulement. »
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